Die Geschichte der Diakonie als kirchliches Werk beginnt im September 1848 auf dem Kirchentag in Wittenberg:

Der Hamburger Theologe Johann Hinrich Wichern regte in seiner berühmten Stegreif-Rede die Gründung des „Centralausschusses für Innere Mission der Deutschen Evangelischen Kirche“ an.
Diakonische Arbeit gab es jedoch schon lange vor Wichern: Initiativen von Frauen und Männern, die sich dem Auftrag Jesu Christi verpflichtet wussten, prägten die Geschichte der Christenheit.

Wichern gab der Bewegung Namen, Ziel und Auftrag: Die „Innere Mission“ als umfassende Reformbewegung, so hatte er in Wittenberg ausgeführt, sei ein unverzichtbarer Teil kirchlichen Handelns. Wichern entwarf ein Programm gegen soziale Not und gegen Armut im umfassenden Sinn. Seine Vorschläge stützten sich auf seine langjährige Praxis im „Rauhen Haus“ in Hamburg, einer Rettungsanstalt für verwahrloste Kinder, die er gegründet hatte.
Der zweite Gründungsvater neben Wichern ist Pfarrer Theodor Fliedner. Fliedner hatte in Kaiserswerth bei Düsseldorf seine Arbeit mit entlassenen weiblichen Strafgefangenen begonnen. Später schuf er den neuen Beruf der Diakonisse. Diakonissen, Schwesternschaften und Gemeinschaften von Diakoninnen und Diakonen tragen seit vielen Jahren die diakonische Arbeit in Krankenhäusern und in Gemeinden.

Wichern gelang es, die verschiedenen Initiativen von Christinnen und Christen unter einem gemeinsamen organisatorischen Dach zusammenzuführen. Schon bald nach Ende des Wittenberger Kirchentages entstanden regionale und lokale Zusammenschlüsse der Inneren Mission. Sie wurden Träger von rechtlich selbständigen Heimen, Einrichtungen und Anstalten, die sozialpädagogische, fürsorgerische und pflegerische Verantwortung für Hilfebedürftige wahrnahmen.
Im Laufe der Zeit entwickelten sich daraus vielfältige diakonische Hilfeangebote mit neuen Arbeitsbereichen. Heute arbeiten Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Diakonie in vielen Berufsfeldern innerhalb von Kirche, Gemeinde, diakonischen Einrichtungen und in sozialen Diensten in der Gesellschaft.

Angesichts der vielfältigen ideologischen und tatsächlichen Verstrickungen der Inneren Mission in die nationalsozialistische Wohlfahrtspolitik wurde das Ende des „Dritten Reiches“ von den Vertretern der Inneren Mission nicht nur mit dem Gefühl der Erleichterung, sondern auch mit einem der Schuld gesehen.

Den zweiten Impuls für die organisierte Diakonie gab die Notsituation in Deutschland unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg und der Befreiung vom NS-System. 1945 wurde das Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland unter Leitung des späteren Bundestagspräsidenten Eugen Gerstenmaier gegründet. Das Hilfswerk verteilte zunächst Hilfssendungen, die aus der Ökumene nach Deutschland kamen. Vertriebene und Flüchtlinge wurden mit Unterstützung des Hilfswerks angesiedelt, entwurzelte Jugendliche erhielten eine Ausbildung und ein Zuhause. Doch für viele der Heiminsassen war dieses „Zuhause“ in der Nachkriegszeit bis in die 6oer und 70er Jahre hinein mit schweren Peinigungen und Zwangsarbeit verbunden. Mit einer öffentlichen Bitte um Verzeihung, die für die EKD und ihre Diakonie abgegeben wurde, erkannten beide Institutionen im September 2011 das schwere Leid an, das Kinder und Jugendliche auch in den Heimen in evangelischer Trägerschaft erfahren haben.

Im Laufe der 50er und 60er Jahre wurden das Evangelische Hilfswerk und die Innere Mission auf Landesebene in den neu gegründeten Diakonischen Werken zusammengeführt. In Westdeutschland entstand daraus 1975 das Diakonische Werk der EKD.

In der DDR behielt die von 1969 bis zur Vereinigung 1991 eigenständige Dachorganisation beide Bezeichnungen im Namen: Diakonisches Werk – Innere Mission und Hilfswerk – des Bundes der evangelischen Kirchen.
Die Arbeit von Innerer Mission und Hilfswerk wurde bereits 1948, bei der EKD-Kirchenversammlung in Eisenach, im Artikel 15 der Grundordnung der EKD als „Wesens- und Lebensäußerung der Kirche“ beschrieben. In der heutigen Satzung des Diakonischen Werkes heißt es weiter: „Die Kirche hat den Auftrag, Gottes Liebe zur Welt in Jesus Christus zu bezeugen. Diakonie ist eine Gestalt dieses Zeugnisses und nimmt sich besonders der Menschen in leiblicher Not, in seelischer Bedrängnis und in sozial ungerechten Verhältnissen an. Sie sucht auch die Ursache dieser Nöte zu beheben.“

Das visuelle Erscheinungsbild ist das Kronenkreuz. Prof. Richard Boehland von der Kunstschule Berlin hatte es 1925 als Zeichen für die „Innere Mission“, die Vorläuferin des Diakonischen Werkes, entworfen. Er verband die beiden Anfangsbuchstaben I und M (Innere Mission) in künstlerischer Form. Erst wesentlich später wurde das Signet der Inneren Mission als „Kronenkreuz“ bezeichnet. Als 1975 das „Diakonische Werk der Evangelischen Kirche in Deutschland“ gegründet wurde, übernahm es dieses Signet als ihr eigenes Symbol. Das Kronenkreuz gilt heute als Zeichen der Ermutigung für die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in der Diakonie: Das Kreuz als Hinweis auf Not und Tod, die Krone als Zeichen der Hoffnung und Auferstehung. Die Verbindung von Kreuz und Krone soll die Zuversicht festigen, dass Not zu überwinden ist, weil Christus Not und Tod überwunden hat.

Der vorrangige Wirkungsbereich des Diakonischen Werkes in der Stadt Hannover wird durch das „H“ im Kronenkreuz symbolisiert.